Les activités de recherche du laboratoire sont consacrées aux problèmes qui mettent en péril la santé animale. Le laboratoire a pour mission d’identifier les agents pathogènes affectant les troupeaux (principalement bovins, ovins, caprins, porcins et équins) et provoquant des épizooties (épidémies animales) ou des zoonoses (maladies animales dont les agents pathogènes sont transmissibles à l’homme). Il étudie dans ce cadre les agents pathogènes de toute nature (bactéries, virus, parasites et champignons) responsables de maladies infectieuses, comme la fièvre aphteuse, la fièvre catarrhale ovine, la tuberculose bovine, la trichinellose, etc. Le laboratoire développe également des recherches sur différents vecteurs de maladies, par exemple les tiques et les culicoïdes.
Le laboratoire mène ses recherches sur quatre points principaux :
Ces volets de recherche englobent ainsi quatre des six axes stratégiques transversaux de l’Anses : Santé et Bien-être animal, Epidémiologie, Sécurité sanitaire des aliments, et Antibiorésistance.
Le laboratoire œuvre dans le concept One health « un monde, une seule santé ». Il est impliqué à ce titre dans le Domaine de Recherche d’intérêt majeur DRIM OneHealth2.0 après avoir coordonné le DIM 1Health (Région Île de France)). Le nouveau projet DRIM OneHealth2.0 vise à améliorer le diagnostic, la prévention et la thérapie des infections humaines et animales.
Par ailleurs, le Laboratoire fournit des données et un appui scientifique et technique aux gestionnaires de risques, notamment dans le cadre de maladies émergentes. Son intégration au cœur des deux campus de l’École nationale vétérinaire d’Alfort (ENVA), à Maisons Alfort et en Normandie, lui permet de partager avec celle-ci des infrastructures, du personnel et des projets de recherche, tout en ayant le soutien de l’Institut national pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Inrae) à travers ses deux unités mixtes de recherche (UMR Virologie et UMR Bipar).
Le laboratoire accueille des doctorants des écoles doctorales des communautés d’enseignement supérieur et de recherche de l’est francilien, Paris Est Sup, avec l’école doctorale ABIES et de l’université de Normandie (Caen). Il héberge ainsi une vingtaine de doctorants dans ses différentes structures de recherche.